О проекте DeepDNA

Как устроен приватный интерпретатор ДНК-тестов, зачем человеку «нейропаспорт» и почему создатели проекта принципиально не хотят знать, кто их пользователи.

Зачем анализировать сырые данные ДНК, если генетические лаборатории и так выдают клиентам отчеты?

Большинство коммерческих тестов дают очень обобщенные отчёты — про происхождение, этнический состав или базовые риски со здоровьем. Так что после сдачи теста мы знаем свое прошлое — откуда мы, кто наши предки, знаем, что нас, возможно, ждет в будущем — какие риски болезней у нас есть, чего бояться, но почти ничего не знаем о настоящем. Да, в стандартных отчетах будет что-нибудь про переносимость кинзы, спаржи или кофе, но это не то, что описывает нас как человека.

При этом исходный файл ДНК содержит куда больше информации. Даже простые генетические тесты хранят в себе более 600 тысяч маркеров, влияющих на работу всех систем организма, — это и есть паспорт нашего организма, который никогда не меняется, но требует расшифровки.

Как родилась идея проекта DeepDNA?

Идея возникла сама собой. После очередных медицинских анализов мне стало интересно, насколько мои результаты обусловлены генетически, даром что-ли у меня пылится лет 7 файл исходных данных ДНК-теста. Я провел несколько часов, вооружившись поиском и ИИ, выясняя, какие маркеры искать в файле и какое влияние имеет мой генотип. Написал скрипт, чтобы не потерять всю эту информацию и использовать в будущем. И вот где-то тут идея и родилась — можно же сделать сервис, который быстро покажет все маркеры с описаниями по любой системе организма. Загрузил файл — получил отчёт о том, какие у тебя маркеры, какие генотипы, в виде диаграммы или просто списком, — и это и есть паспорт данной системы: нейро, кардио, гормоны и так далее, любой, для которой известны маркеры, влияющие на неё.

С ним можно идти к врачу, это уже предметный разговор, важное дополнение к любым анализам: возможно, повышенный уровень холестерина — генетическая особенность, но терапия статинами вам противопоказана, может быть ваша депрессия имеет корни в генетике, как и гормональный фон. И многим не очевидно, что врач не будет у вас интересоваться есть ли у вас генетический тест или нет, а просто отправит на анализ на тот или иной ген, а при этом все нужные маркеры у вас уже могут быть в исходных данных, они не меняются.

В чём отличие DeepDNA от других сервисов анализа исходных файлов ДНК?

Результаты большинства сервисов об одном и том же. Происхождение, предки, родственники — первая основная тематика. Вторая — риски заболеваний и сопутствующие медицинские услуги. Есть сервисы в форме микроигр: «узнайте, сова вы или жаворонок», «узнайте, спринтер вы или стайер» и так далее — микротесты на каждый день без полезного результата. Есть другие - перегруженные ссылками на статьи и терминологией для врачей-генетиков.

Мы хотели создать инструмент, который не был бы на избитую тему, не был бы слишком научно-медицинским, не пугал бы болезнями, но и не общался бы с пользователем как с ребёнком. Такой, чтобы человек мог получить реально полезную информацию о себе сегодняшнем, заглянуть глубже и сформировать детальный генетический «профиль» или «паспорт». Это не медицина, это скорее высокоточный гид по собственному организму на основе реальных данных человека и научных исследований.

По-сути сервис призван сделать за пару минут то, на что человек потратил бы пару дней, выискивая у себя тот или иной маркер и заполняя таблички. Выдать отчет по всем маркерам, важным для выбранной системы организма, и дать живое и понятное описание — не слишком загромождённое биомедициной (кто в теме, тот сам всё найдет в научных статьях), но и не в игровом виде: "вы титановый гений с уязвимой аурой". На выходе - список маркеров и генотипов по профилю, без упора на поиск только уязвимостей или редких маркеров, а полная картина.

Почему начали с нейропрофиля?

Психический портрет — наиболее понятная тема для всех. Узнать себя лучше — это в первую очередь про особенности поведения, восприятие стресса, эмоции, самоконтроль и импульсивность. Всё, что и делает нас личностями. Очень важно понять базу, на которой мы стоим, особенно перед тем, как что-то менять. Почему мы помним старые обиды, прокручивая их в голове? Как организовать работу — какая методика нам больше подходит? Где мы лучше себя можем проявить — в аналитике или управлении хаосом? Многие ответы кроются в генетике, и куда лучше не бороться с ней, а использовать себе в помощь.

Мы ничего не придумываем — все генотипы именно ваши и никуда не денутся. Да, влияние генов и их интерпретация меняются со временем, по мере выхода новых публикаций и исследований, но генотипы — нет. А как воспринимать себя через призму генетического отчета и что делать дальше — выбирать вам.

Сколько параметров оценивается и как?

Профиль состоит из 30 маркеров, разбитых по секциям, отвечающим за ту или иную подсистему: дофаминовая, серотониновая, интеграция сигналов, когнитивная гибкость и так далее. Проблема в том, что разные панели содержат разные маркеры, некоторые могут быть просто не прочитаны тестом. Все маркеры, которые есть, используются напрямую для расчета: чем их больше — тем точнее балл секции. Для отсутствующих маркеров мы используем проксирование — если есть другой маркер, связанный с пропущенным с достоверностью больше 80%, или же просто выбираем значение по популяционной вероятности и показываем разброс результата — так пользователь видит, в каких границах его оценка "гуляет". Зачастую даже один маркер в секции дает хорошую точность оценки, если он основной.

Что с безопасностью личных данных при загрузке файлов в интернет?

Я не вижу проблем с этим. В самих данных не написано, кто вы, можно придумать любое имя и завести новую почту для регистрации, так что кому бы вы ни отправили файл, связи с вами не будет, просто набор маркеров, хотя и уникальный. В то же время я понимаю людей, кто беспокоится, ведь злоумышленник узнает уязвимости, и не важно, может ли это навредить, сам факт неприятен. Именно поэтому мы создали систему по принципу Zero-Data. Наш главный манифест — мы физически не собираем, не храним и не передаем ваши данные. Полная анонимность, ни личного кабинета, ни файлов cookie, никаких цифровых "отпечатков".

Да, это может быть неудобно - кто-то предпочёл бы хранить всё в личном кабинете, но мы выбрали приватность прежде всего.

Как работает сервис? Где анализируется файл и создается отчёт?

Наш сервис работает по технологии Client-Side. Когда вы перетаскиваете свой файл .txt или .vcf в окно браузера, весь парсинг происходит локально — прямо на вашем компьютере или телефоне средствами самого браузера. Все нужные маркеры выбираются на клиенте, и далее работа ведётся только с этим минимальным набором в 20-30 маркеров.

С сервера запрашиваются только текстовые описания из базы данных, статистика по популяции и условные веса маркеров. Отчет собирается на лету в браузере и выводится в виде диаграмм или текста. Как только вы закрыли вкладку — всё исчезло без следа.

Что пользователь получает на выходе уже сейчас и какие планы?

Сейчас доступен интерактивный результат в виде наглядных диаграмм, графиков и структурированного отчета. Пользователь может загрузить свои сырые данные (raw data) от любой популярной лаборатории и мгновенно увидеть разбор ключевых генотипов, отвечающих за когнические особенности, контроль эмоций и стрессоустойчивость. В планах — расширение вширь (больше профилей для разных систем) и вглубь (анализ комбинаций маркеров и персональные инсайты).